Das Intentionalitätsproblem ist analog zum Qualiaproblem zu verstehen. Die grundlegende argumentative Struktur ist die gleiche. Auf Franz Brentano und seine Aktpsychologie geht die Einsicht zurück, dass die meisten Bewusstseinszustände nicht nur einen qualitativen Erlebnisgehalt haben, sondern auch intentional strukturiert sind. Das heißt, dass sie sich auf ein Handlungsziel beziehen. Ausnahmen sind Grundstimmungen wie Langeweile, Grundhaltungen wie Optimismus und etwa nach Hans Blumenberg auch Formen der Angst. [1] Der Gedanke, dass Herodot Historiker war, bezieht sich etwa auf Herodot, und er ist aufgrund seines Bezuges wahr oder falsch. Können diese Eigenschaften durch die Wissenschaften erklärt werden? Es bleiben Zweifel: Wie soll sich eine neuronale Aktivität in meinem Gehirn auf Herodot beziehen? Und wie kann die Wahrheitswertfähigkeit der Gedanken erklärt werden? Neuronale Prozesse sind doch nicht wahr oder falsch – sie passieren einfach!

In Bezug auf das Intentionalitätsproblem kann man die gleichen Lösungsvorschläge vertreten wie beim Qualiaproblem. Doch es gibt noch weitere Möglichkeiten. Man kann nämlich auch zu erklären versuchen, warum sich eine neuronale Aktivität auf etwas (etwa Herodot) bezieht. Die drei populärsten Vorschläge sind die folgenden:

1. Jerry Fodor meint, dass sich ein neuronaler Prozess genau dann auf X bezieht, wenn er in einer bestimmten kausalen Relation zu X steht.
2. Fred Dretske meint, dass sich ein neuronaler Prozess genau dann auf X bezieht, wenn er ein verlässlicher Indikator für X ist.
3. Ruth Millikan meint, dass sich ein neuronaler Prozess genau dann auf X bezieht, wenn es die evolutionäre Funktion des Prozesses ist, X anzuzeigen.

All diese Lösungsvorschläge sind mit schweren Einwänden konfrontiert, und so halten viele Philosophen, etwa Hilary Putnam und John Searle, auch Intentionalität für nicht naturwissenschaftlich erklärbar.